W lutym 2025 roku, na łamach prestiżowego czasopisma naukowego ”The Lancet. Gastroenterology & Hepatology” ukazała się przełomowa publikacja dotycząca międzynarodowego konsensusu dotyczącego badania mikrobioty jelitowej w praktyce klinicznej.
W jakim celu powstała publikacja?
Z roku na rok coraz większe zainteresowanie w świecie nauki i medycyny budzi potencjalne wykorzystanie mikrobiomu jelitowego jako narzędzia diagnostycznego. Badania mogą posłużyć do diagnozy, prognostyki lub oceny ryzyka określonych zaburzeń, a także przewidywania reakcji pacjenta na konkretne leczenie oraz oceny terapii mających na celu modulację mikrobiomu jelitowego, jak probiotyki lub przeszczep kału. Pomimo potencjalnych korzyści, zastosowanie badań nad mikrobiomem jelitowym w praktyce klinicznej nadal pozostaje wyzwaniem z powodu m.in. złożoności mikrobioty i jej oddziaływań na organizm, polegania na badaniach przedklinicznych (np. in vitro lub modele zwierzęce) oraz braku ustalonych przepisów i ram dla ich klinicznego wdrożenia. Z tych właśnie powodów, autorzy publikacji powołali międzynarodowy, multidyscyplinarny panel ekspertów. Jego celem było ujednolicenie i zdefiniowanie najlepszych praktyk dotyczących badania mikrobioty, oceny luk w obecnej wiedzy, przyszłych kierunków rozwoju oraz pomoc w rozwoju diagnostyki mikrobiomu człowieka w praktyce klinicznej.
Jakie cechy powinno mieć badanie mikrobioty jelitowej?
Inicjatywa ta, poparta przez społeczność naukową, miała na celu ustanowienie zasad etycznych, organizacyjnych i technicznych dla rozwoju, komercyjnego użytku i klinicznego wdrażania testów mikrobioty jelitowej. W wyniku wspólnych prac i konsultacji, powstały proponowane ramy i charakterystyka badań mikrobiomu w praktyce klinicznej. Wyodrębnione zostały ogólne zasady i minimalne wymagania dotyczące przeprowadzania testów:
✅ Rozsądne podejście – pacjenci muszą być świadomi ograniczonej liczby dowodów na potrzeby testów oraz ciągłego rozwoju dziedziny.
✅ Multidyscyplinarność zespołu – osoby przeprowadzające testy powinny posiadać wiedzę specjalistyczną w zakresie mikrobiomu jelitowego.
✅ Przestrzeganie wysokich standardów jakości – laboratoria muszą gwarantować wysokie standardy jakości, obowiązkowe jest także korzystanie z aktualnego oprogramowania.
✅ Brak bezpośrednich zmian w leczeniu pacjenta – wszelkie potencjalne zmiany w leczeniu pacjenta oparte na wynikach testów powinny być dokonywane lub nadzorowane przez lekarza kierującego.
Jak powinno przebiegać badanie mikrobioty?
Zalecenia dotyczące przeprowadzania testów mikrobioty zostały podzielone na trzy etapy: przed wykonaniem badania, badanie oraz raportowanie.
- Przed wykonaniem badania:
- Wskazania i przygotowanie:
- Wskazania – na zalecenie lekarzy zaniepokojonych stanem pacjentów
- Nie należy przerywać przewlekłego leczenia ani zmieniać zwyczajowej diety przed przystąpieniem do badania
- Gromadzenie danych klinicznych:
- Zebranie informacji na temat pacjenta, w tym historii medycznej
- Pobieranie i przechowywanie próbek:
- Odpowiedni zestaw do pobierania kału z konserwantem materiału genetycznego
- Przechowywanie próbek w laboratorium w temperaturze – 80°C
2. Badanie:
- Sekwencjonowanie genomu:
- Zaleca się stosowanie sekwencjonowania całogenomowego lub sekwencjonowanie amplikonu
- PCR nie jest substytutem badania mikrobiomu
- Wstępne przetwarzanie:
- Wstępne przetwarzanie surowych danych powinno być szczegółowo opisane
- Profilowanie społeczności:
- Pomiary różnorodności alfa (różnorodność w obrębie próby) oraz beta (różnorodność między próbkami)
- Pełne profilowanie taksonomiczne
- Porównanie z dopasowaną grupą kontrolną
3. Raportowanie:
- Raport badania mikrobiomu:
- Szczegółowy protokół roboczy sekwencjonowania oraz analizy
- Profilowanie taksonomiczne z odpowiednią rozdzielczością (gatunki w przypadku sekwencjonowania całogenomowego)
- Taksony istotne dla zdrowia człowieka zawsze powinny być raportowane
- Firmicutes:Bacteroidetes ratio i wskaźniki dysbiozy są niezalecane
- Stosowanie przyjaznej dla użytkownika ikonografiki
- Zdecydowanie odradza się zaleceń związanych z leczeniem
Jak na tle wspomnianej publikacji wygląda badanie NANOBIOME?
W genXone SA od zawsze dbamy o najwyższą jakość proponowanych usług. Podobnie jest w przypadku badania mikrobioty jelitowej NANOBIOME. Mimo, że test powstał wiele lat przed publikacją wspomnianego wyżej artykułu, to założeniem projektu od samego początku było zaprojektowanie najbardziej efektywnych i wysokoprzepustowych badań mikrobioty, które pozwolą na najbardziej szczegółową ocenę kondycji jelit. Nadrzędnym celem badania jest przygotowanie obszernych baz danych, których analiza pozwoli spojrzeć na problematykę mikrobiomu jelitowego w szerokiej perspektywie, tworząc tym samym niezawodne narzędzie ułatwiające pracę branży medycznej. Istotnym elementem badania są dogłębne analizy bioinformatyczne, przeprowadzone przez doświadczony zespół i opierające się na autorskim pipeline, zmodyfikowanych algorytmach oraz bazie sekwencji genomowych NCBI.
Co więcej, w ramach badania NANOBIOME wykrywane są wszystkie bakterie obecne w danej próbce. Test nie jest nastawiony tylko na konkretne, z góry wskazane drobnoustroje. Taka szczegółowa informacja na temat kompozycji jelitowej jest możliwa dzięki wykorzystaniu metody sekwencjonowania całogenomowego, która analizuje całą długość materiału genetycznego bakterii. Dzięki niej możliwe jest raportowanie z dokładnością do gatunku bakterii. Dokładny udział każdego taksonu w ramach całego środowiska jest możliwy dzięki technologii nanoporowej, która nie wymaga namnożenia materiału genetycznego bakterii w procesie PCR. Analizowane jest natywne DNA, które nie wpływa na ilość materiału genetycznego w badanym izolacie. Istotną zaletą badania jest także porównanie wyniku pacjenta do autorskiej bazy wyników osób zdrowych, mieszkających na terenie Polski.
Badanie NANOBIOME oparte jest na najnowszej wiedzy z dziedziny biologii molekularnej oraz mikrobiologii i jest na bieżąco aktualizowane o najświeższe doniesienia literaturowe. Raport dla pacjenta zawiera wiele informacji wraz z wytłumaczeniem trudnych pojęć czy zagadnień oraz przedstawia skomplikowane dane w formie przystępnych tabel i wykresów. W dokumencie raportowane są wszystkie taksony, które przekroczyły próg detekcji dla przeprowadzonej analizy (min. 0,002% spośród odczytów), co daje kompleksowy ogląd na stan mikrobioty jelitowej pacjenta. Wszystkie prezentowane wskaźniki odnoszą się do zidentyfikowanych mikroorganizmów.
Podsumowanie
Mimo, że wiedza na temat mikrobioty jelitowej oraz jej wpływu na organizm człowieka jest stale poszerzana, to istnieje jeszcze wiele luk, które z czasem i rozwojem nauki będą uzupełniane. Badania mikrobioty jelitowej stanowią przyszłość w medycynie i diagnostyce, jednak istotne jest określenie jasnych zasad i ram dla ich rozwoju, komercyjnego użytku i klinicznego wdrażania. Artykuły takie jak ten, opublikowany na łamach „The Lancet. Gastroenterology & Hepatology”, mają na celu promowanie stopniowej zmiany nastawienia klinicystów do mikrobiomu jelitowego oraz jego potencjalnego zastosowania w przyszłości.
Porcari S, Mullish BH, Asnicar F, Ng SC, Zhao L, Hansen R, O’Toole PW, Raes J, Hold G, Putignani L, Hvas CL, Zeller G, Koren O, Tun H, Valles-Colomer M, Collado MC, Fischer M, Allegretti J, Iqbal T, Chassaing B, Keller J, Baunwall SM, Abreu M, Barbara G, Zhang F, Ponziani FR, Costello SP, Paramsothy S, Kao D, Kelly C, Kupcinskas J, Youngster I, Franceschi F, Khanna S, Vehreschild M, Link A, De Maio F, Pasolli E, Miguez AB, Brigidi P, Posteraro B, Scaldaferri F, Stojanovic MR, Megraud F, Malfertheiner P, Masucci L, Arumugam M, Kaakoush N, Segal E, Bajaj J, Leong R, Cryan J, Weersma RK, Knight R, Guarner F, Shanahan F, Cani PD, Elinav E, Sanguinetti M, de Vos WM, El-Omar E, Dorè J, Marchesi J, Tilg H, Sokol H, Segata N, Cammarota G, Gasbarrini A, Ianiro G. International consensus statement on microbiome testing in clinical practice. Lancet Gastroenterol Hepatol. 2025 Feb;10(2):154-167. doi: 10.1016/S2468-1253(24)00311-X.
