Nanobiome – polskie badanie mikrobioty jelitowej

Logo nanobiome

Innowacyjna technologia w badaniach mikrobiomu jelitowego

Badania dotyczące mikrobiomu człowieka rozumianego jako pula materiału genetycznego w danej próbce wzbudzają w ostatnim czasie duże zainteresowanie. Pojawiające się publikacje naukowe dość jasno sugerują, że wpływ mikroorganizmów zasiedlających ciało człowieka jest istotny, a w wielu przypadkach kluczowy dla zapewnienia homeostazy i prawidłowego funkcjonowania organizmu. Aby dowiedzieć się, jakie bakterie zasiedlają nasze jelita, należy zsekwencjonować materiał genetyczny pochodzący z próbki kału. Sam proces sekwencjonowania polega na odczytaniu kolejności par nukleotydów – małych cegiełek tworzących nić DNA.

Innowacyjna technologia w badaniach mikrobiomu jelitowego

W badaniach NANOBIOME wykorzystywana jest technologia długich odczytów, czyli sekwencjonowanie nanoporowe. Jest to obecnie jedyna technologia, która umożliwia uzyskanie nieskończenie długich odczytów sekwencji nukleotydowej. Uzyskiwana długość odczytu sekwencji nukleotydowej i wynikający z niej szeroki zakres informacji genetycznej bezpośrednio łączą się z także z możliwością skutecznego rozróżnienia blisko spokrewnionych drobnoustrojów. Co więcej, dane uzyskiwane z sekwencjonowania nanoporowego, gdzie sekwencjonowaniu poddawane jest natywne DNA (pochodzące bezpośrednio z komórek), nie są zaburzone błędami związanymi z powielaniem materiału genetycznego w trakcie analizy, co jest niestety typowe dla technologii sekwencjonowania poprzednich generacji. Dzięki temu organizmy, których genom wykazuje silne odchylenia (na przykład w zakresie zawartości par nukleotydów guanina-cytozyna), mogą zostać skutecznie rozpoznawane i zidentyfikowane.

Nowe podejście do badania genów środowiska bakteryjnego

NANOBIOME to pierwsze badanie dotyczące składu mikrobiomu jelitowego, które nie jest oparte o analizę sekwencji konserwatywnych regionów genu 16S rRNA, tylko o metodę sekwencjonowania całogenomowego. Oznacza to, że w badaniu nie skupiamy się na sekwencji nukleotydowej jednego wybranego niejako z góry regionu (genu 16s rRNA), ale analizujemy całość materiału genetycznego zawartego w próbce. Taka strategia przekłada się na możliwość identyfikacji i profilowania zbiorowiska bakterii oraz innych mikroorganizmów obecnych w próbce już w jednym badaniu. Uzyskany wynik stanowi, więc najbardziej szczegółowy obraz stanu mikrobioty jelitowej i pozwala najlepiej zrozumieć mikrobiom jelitowy. Sekwencjonowanie całogenomowe gwarantuje wysoką rozdzielczość klasyfikacji taksonomicznej, prowadząc końcowo do dostarczenia zbiorczej informacji o wszystkich zidentyfikowanych mikroorganizmach na poziomie gatunku. Oznacza to otrzymanie poziomu szczegółowości niedostępnego dotychczas dla badań opartych o analizę pojedynczego genu.

Dodatkowo sekwencjonowanie całych genomów umożliwi w przyszłości bezpośrednie przewidywanie genów obecnych w zbiorowisku. Oznacza to, że docelowo możliwe będzie nawet ustalenie potencjału biologicznego zbiorowiska mikroorganizmów składających się na mikrobiom jelitowy. Chodzi tutaj przede wszystkim o specyficzne “właściwości” bakterii, wśród których można wskazać na przykład zdolność syntezy konkretnych witamin, krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych, czy też neuroprzekaźników.

Koszyk
Brak produktów w koszyku!
Kontynuuj zakupy
0