Istotnym elementem procedury przeszczepienia kału jest dobór zdrowego dawcy oraz zapewnienie odpowiedniego materiału. Po zgłoszeniu się ochotnika, konieczne są rygorystycznie badania, dzięki którym można się upewnić, że potencjalny dawca jest właściwy. Odpowiedni dawca:

• Nie może stosować antybiotyków od min. 6 miesięcy
• Nie ma obniżonej odporności
• Nie cierpi na żadne przewlekłe zaburzenia żołądkowo-jelitowe np. nieswoiste zapalenia jelit
• Nie jest narażony na inne choroby np. wywołane wirusem HIV, zakażenia difficile, wirusowe zapalenie wątroby, syfilis czy zakażenia pasożytami jelitowymi.

Kał musi również przejść dokładną analizę, by mieć pewność, że nie doszło do jakiegokolwiek przerostu bakteryjnego lub dysbiozy. Po zatwierdzeniu dawcy, kał wysyłany jest do laboratorium w celu przetworzenia, umożliwiającego odpowiednie przygotowanie do procedury przeszczepu. Mikrobiota kałowa może być dostarczana do przewodu pokarmowego biorcy na różne sposoby. Metody te mogą obejmować:

• Kolonoskopię – polega na wprowadzeniu przez odbyt cienkiej rurki (kolonoskopu) do jelita grubego, przez którą dostarczać można równe substancje czy leki, w tym mikrobiotę kałową.
• Endoskopię górną – polega na podaniu endoskopu wraz z kałem dawcy z ust lub nosa, przez przełyk do żołądka lub jelita cienkiego. Jest to jedna z alternatyw dla osób, które nie mogą poddać się kolonoskopii. Metoda ta ma jednak niższy wskaźnik powodzenia, ponieważ bakterie muszą przedostać się przez jelito cienkie, aby dotrzeć do jelita grubego.
• Lewatywę – oznacza dostarczanie bakterii poprzez rurkę wprowadzoną do odbytnicy. Mikroflora kałowa może rozprzestrzeniać się z odbytnicy do okrężnicy bez ryzyka znaczącej zmiany środowiska, tak jak miałoby to miejsce w jelicie cienkim.
• Kapsułkę doustną – tabletki do przeszczepiania kału zawierają odpowiednio przygotowaną, liofilizowaną, żywą mikrobiotę kałową dawcy. Kapsułki zaprojektowano tak, aby pozostały nienaruszone do momentu dotarcia do jelita grubego.

Przeszczep kału jest obecnie zalecany i ma udowodnioną skuteczność jedynie w leczeniu trwałego zakażenia C.difficile, jako że bakteria ta może wykazywać oporność na antybiotyki. Niektórzy pacjenci z zakażeniem C.difficile nie reagują na standardowe leczenie różnymi rodzajami antybiotyków. W przypadku osób z nawracającą infekcją oraz nieodpowiadających na standardowe leczenie, przeszczep kału może być skuteczny w leczeniu zakażenia i wiązać się z niskim odsetkiem kolejnych, nawracających infekcji. Niektórzy pacjenci mogą wymagać dwóch lub więcej zabiegów przeszczepu kału, aby osiągnąć poprawę.